FPGA有多種配置模式：並行主模式為一片FPGA加一片EPROM的方式

；主從模式可以支持一片PROM編程多片FPGA

；串行模式可以采用串行PROM編程FPGA；外設模式可以將FPGA作為微處理器的外設，由微處理器對其編程。 如何實現快速的時序收斂
、降低功耗和成本、優化時鍾管理並降低FPGA與PCB並行設計的複雜性等問題
，一直是采用FPGA的係統設計工程師需要考慮的關鍵問題。如今
，隨著FPGA向更高密度、更大容量、更低功耗和集成更多IP的方向發展，係統設計工程師在從這些優異性能獲益的同時，不得不麵對由於FPGA前所未有的性能和能力水平而帶來的新的設計挑戰。 例如
，領先FPGA廠商Xilinx最近推出的Virtex-5係列采用65nm工藝


，可提供高達33萬個邏輯單元、1,200個I/O和大量硬IPkuai。chaodaronglianghemidushifuzadebuxianbiandegengjiabukeyuce
，youcidailaigengyanzhongdeshixushoulianwenti。ciwai
，zhenduibutongyingyongerjichengdegengduoshuliangdeluojigongneng、DSP、嵌入式處理和接口模塊，也讓時鍾管理和電壓分配問題變得更加困難。 幸運地是，FPGA廠商、EDA工具供應商正在通力合作解決65nm FPGA獨特的設計挑戰。不久以前，Synplicity與Xilinx宣布成立超大容量時序收斂聯合工作小組，旨在最大程度地幫助係統設計工程師以更快、更高效的方式應用65nm FPGA器件。設計軟件供應商Magma推出的綜合工具Blast FPGA能幫助建立優化的布局，加快時序的收斂。